Το Κέντρο Προγραμματισμού και Οικονομικών Ερευνών (ΚΕΠΕ) ιδρύθηκε το 1959 ως μία μικρή ερευνητική μονάδα με την επωνυμία «Κέντρον Οικονομικών Ερευνών». Βασικός σκοπός του ΚΕΠΕ από ιδρύσεώς του ήταν η επιστημονική μελέτη των οικονομικών προβλημάτων της Ελλάδας, η ενθάρρυνση της οικονομικής έρευνας και η συνεργασία με άλλα επιστημονικά ιδρύματα. Το 1964, οπότε και το ΚΕΠΕ πήρε την σημερινή του ονομασία, προστέθηκαν στις αρμοδιότητές του η κατάρτιση σχεδίων βραχυχρόνιων, μεσοχρόνιων και μακροχρόνιων προγραμμάτων ανάπτυξης, περιφερειακής και χωροταξικής ανάπτυξης και δημοσίων επενδύσεων, η παρακολούθηση και η ανάλυση των βραχυπροθέσμων και μεσοπροθέσμων εξελίξεων στην ελληνική οικονομία, η κατάρτιση προτάσεων οικονομικής πολιτικής και (εφόσον δεν είχαν ακόμη αναπτυχθεί εγχώρια μεταπτυχιακά προγράμματα) η επιμόρφωση νέων οικονομολόγων, ιδιαίτερα σε θέματα προγραμματισμού και οικονομικής ανάπτυξης. Στην πολυετή λειτουργία του το ΚΕΠΕ έχει να επιδείξει ένα πολυδιάστατο επιστημονικό έργο το οποίο αντανακλάται στις εκδόσεις του (ξεπερνούν τις 650), καθώς και στον μεγάλο αριθμό (άνω των εκατό) αναφορών, ειδικών εκθέσεων, μελετών και εισηγήσεων που έχει εκπονήσει με σκοπό την υποβοήθηση του κυβερνητικού έργου. Συμπληρωματικά αναφέρεται ότι με το ΚΕΠΕ έχουν συνεργασθεί σε επίπεδο Διοίκησης ή ως ερευνητές και συγγραφείς επιστημονικών εργασιών σημαντικοί οικονομολόγοι σε εθνικό και διεθνές επίπεδο. Η δε ειδική ερευνητική βιβλιοθήκη του ΚΕΠΕ συνέβαλε επίσης σημαντικά στην υποβοήθηση της οικονομικής έρευνας στην Ελλάδα.

Σήμερα, το ΚΕΠΕ αποτελεί το μεγαλύτερο ερευνητικό ίδρυμα για την οικονομική επιστήμη στην Ελλάδα, με αντικείμενο την διερεύνηση θεμάτων που αφορούν στην ελληνική οικονομία. Επιπλέον, με την ιδιότητα του συμβουλευτικού οργάνου του Υπουργού Ανάπτυξης και Επενδύσεων, από τον οποίο εποπτεύεται, το ΚΕΠΕ παρέχει στην επίσημη Πολιτεία τεχνικές υπηρεσίες σε θέματα οικονομικής και κοινωνικής πολιτικής και λειτουργεί το Εθνικό Συμβούλιο Παραγωγικότητας-Ανταγωνιστικότητας.. Η εξειδίκευση του ερευνητικού προσωπικού του ΚΕΠΕ (στην πλειονότητα οικονομολόγοι, κάτοχοι διδακτορικού διπλώματος) σε συγκεκριμένους τομείς, καθώς και η διατήρησή του υπό κοινή στέγη, έχει ως αποτέλεσμα την συγκέντρωση τεχνογνωσίας και τον συγκερασμό εμπειριών και γνώσεων για την διεξαγωγή συνθέτων αναλύσεων. Η συμμετοχή του ΚΕΠΕ στο Έργο «Intelligent Research Infrastructure for Shipping, Supply chain, Transport and Logistics (EN.I.R.I.S.S.T.)» αφορά στη συλλογή και επεξεργασία στοιχείων για την ανάπτυξη ενός συστήματος πληροφόρησης και δεικτών για τη βελτίωση/βελτιστοποίηση της αγρο-εφοδιαστικής μεταφορικής αλυσίδας, την ανάπτυξη εργαλείων για τη βελτιστοποίηση των εφοδιαστικών αλυσίδων και δικτύων εφοδιαστικών κέντρων, την παρακολούθηση της αγοράς των εμπορευματικών μεταφορών και logistics καθώς και των δραστηριοτήτων τουρισμού και των συναφών αλυσίδων προστιθέμενης αξίας για την υποστήριξη της τουριστικής ανάπτυξης, την πληροφόρηση ενεργειακών προϊόντων και ενέργειας στην αγορά των θαλάσσιων μεταφορών και της εφοδιαστικής μέριμνας, και την ανάπτυξη εργαλείων και συστημάτων λήψης αποφάσεων για τη βελτιστοποίηση των εφοδιαστικών αλυσίδων.