Η οργανωτική δομή της EN.I.R.I.S.S.T. στοχεύει στην εξασφάλιση της απαιτούμενης ωριμότητας και τη δημιουργία των κατάλληλων δομών για την υλοποίηση και τη διασφάλιση της λειτουργικότητας και της συντήρησης της υποδομής.
Το οργανόγραμμα της EN.I.R.I.S.S.T. αποτελείται από τα εξής μέρη: