Η οργανωτική δομή της EN.I.R.I.S.S.T. στοχεύει στην εξασφάλιση της απαιτούμενης ωριμότητας και τη δημιουργία των κατάλληλων δομών για την υλοποίηση και τη διασφάλιση της λειτουργικότητας και της συντήρησης της υποδομής.
Το οργανόγραμμα της EN.I.R.I.S.S.T. αποτελείται από τα εξής μέρη:

• Συντονιστής Φορέας της EN.I.R.I.S.S.T. είναι το Πανεπιστήμιο Αιγαίου με Επιστημονική Υπεύθυνη την Καθηγήτρια Αμαλία Πολυδωροπούλου.
• Συμβούλιο Διαχείρισης
• Συμβούλιο Ποιότητας
• Τεχνικό Συμβούλιο
• Επιστημονική Συμβουλευτική Επιτροπή
• Πρεσβευτές